El Museo Arqueológico conserva materiales de variada y amplia cronología, comprendida desde el Paleolítico, para los más antiguos, hasta principios del siglo XIX, para los más modernos. La mayor parte de ellos son de origen local o comarcal y proceden de las proyecciones y excavaciones realizadas por el propio museo.
En el mismo edificio se encuentra la Sala de Exposiciones; se trata de una antigua “Sala de Hombres” del hospital, una amplia estancia rectangular cubierta por una bóveda de cañón.
Fue creado por el Ayuntamiento de Orihuela y desde 1997 tiene sede en la iglesia de San Juan de Dios, templo construido a mediados del siglo XVIII.